موارد متعددی در ناکارآمدی و انحراف سازمان‌ها از ماموریت و اهداف شکل‌گیری‌شان شناسایی می‌شود که وجود قوانین متضاد و متعارض در حوزه فعالیت آنها از اهم موارد است. در کشور ما گرچه قوانین در مجلس تصويب می‌شود، اما آيين‌نامه‌های اجرایی را وزارتخانه‌های مربوطه تهیه و در هیات دولت به تصویب می‌رسانند كه در موارد متعددی با قانون مادر یا سایر آیین‌نامه‌های مرتبط در تعارض است. مساله‌ای که درخصوص قانون نظام مهندسی و کنترل ساختمان مصوب 1374، آیین‌نامه اجرایی ماده 33 آن مصوب 1383 و عملکرد سازمان نظام مهندسی از بدو تاسیس تا امروز نیز مصداق دارد.
مطابق ماده 3 قانون مذکور، سازمان نظام مهندسی ساختمان به منظور تامین مشارکت هرچه وسیع‌تر مهندسان در انتظام امور حرفه‌ای و تحقق اهداف این قانون در مواردی همچون ارتقای دانش فنی صاحبان حرفه و نظارت بر حسن انجام خدمات مهندسی شکل می‌گیرد. لیکن با تصویب آیین‌نامه اجرایی ماده 33 در سال 83 و تعیین وظیفه در زمینه ارجاع کار به ناظران و صدور شناسنامه فنی‌و‌ملکی برای سازمان نظام مهندسی، نقش اصلی این سازمان در زمینه‌های آموزشی و نظارتی بر عملکرد مهندسان تحت‌الشعاع قرار گرفته و آن را چه در عدم اجرای این آیین‌نامه تا اردیبهشت‌ماه 92 و چه در اهتمام به اجرا از آن تاریخ تا امروز در چالشی پیوسته با اعضا، صاحب‌کاران، شهرداری و وزارت راه و‌شهرسازی قرار داده است.
از طرف دیگر، آیین‌نامه اجرایی مذکور با تعیین مسوولیت برای نظام مهندسی در انجام بخشی از فرآیند کنترل کیفیت ساختمان‌ها، موجب پراکندگی و پیچیدگی این مسوولیت میان نظام مهندسی و شهرداری و در نتیجه نقص در انجام فرآیندها و کاهش کیفیت ساختمان‌ها شده است. به‌عنوان مثال در زمینه صدور شناسنامه فنی‌و‌ملکی که سازمان نظام مهندسی مسوول آن تعیین شده، به دلیل عدم الزام به‌کارگیری مجری ذی‌صلاح برای کلیه ساختمان‌ها توسط شهرداری در هنگام صدور پروانه، به این علت که مجری مسوول تهیه دفترچه اطلاعات فنی است، عملا امکان صدور شناسنامه فنی‌و‌ملکی وجود ندارد. این در حالی است که بر اساس ماده 35 آیین‌نامه مذکور، صدور پایانکار توسط شهرداری منوط به ارائه شناسنامه فنی ساختمان توسط مالک است!
قابل ذکر است که مسوولیت کنترل کیفیت ساختمان‌ها وظیفه ذاتی تمام شهرداری‌ها در همه نقاط دنیا است و در کشور ما نیز در نخستین قانون شهرداری در سال 1286 شمسی و همچنین اصلاحات بعدی این قانون به آن اشاره شده، لیکن در چند سال اخیر و از زمان رونق ساخت‌و‌ساز همراه با رشد فنی ساختمان‌ها که نیاز به تنظیم نظامات به‌روز اداری داشته، تصویب آیین‌نامه اجرایی ماده 33، گرچه لازم بود شرایط مناسبی در گردش کار و انجام فرآیندهای کنترل کیفی ایجاد کند، موجب بروز مناقشات فراوان میان شهرداری و سازمان نظام مهندسی و در نتیجه نقص در تامین کیفیت ساختمان‌ها شد. به دلیل نارسایی‌های این آیین‌نامه، انحراف در ماموریت سازمان نظام مهندسی و استنکاف شهرداری از اجرای ضوابط، اهم اهداف قانون نظام مهندسی و کنترل ساختمان در زمینه افزایش استحکام و ایمنی ساختمان‌ها با توجه به شرایط لرزه‌خیزی کشور نتوانسته است بروز و ظهور یابد. لیکن اقدام اخیر وزارت راه‌وشهرسازی در تدوین «آیین‌نامه کنترل ساختمان» موضوع فصل چهارم قانون از ماده 30 تا 35 که هم‌اکنون در کمیسیون زیربنایی دولت در حال بررسی است، با هدف رفع تعارضات میان شهرداری و سازمان نظام مهندسی و بازگشت نظام مهندسی به مسیر اصلی وظایفش، گام مهمی در حل مشکلات مطرح‌شده محسوب می‌شود.