لایحه طرح تحول نظام مالیاتی کشور که در دولت نهایی شد، برای نخستین بار به طور جدی تحقق اهداف مهم بازار مسکن را در کنار منبعی برای درآمد دولت مورد توجه خاص قرار داده است. با وجود نقاط قوت لایحه تحول مالیاتی در توجه بیشتر به توسعه پایه مالیاتی، از جهات زیر واجد اشکال به نظر می‌رسد و با توجه به اهتمام جدی سازمان امور مالیاتی به توسعه درآمدهای مالیاتی کشور می‌تواند در اصلاحات بعدی مد نظر قرار گیرد.
یکم: عدم مقابله و کنترل مؤثر سوداگری مسکن: اگر چه رویکرد لایحه تحول نظام مالیاتی بخش مسکن به موضوع سوداگری نوعی پیشرفت نظری تلقی می‌شود، با این حال مواد پیشنهادی قادر به کنترل و مقابله با سوداگری در بخش مسکن نیست و بیشتر شکل و نحوه انجام آن را تغییر می‌دهد. اساسا با توجه به اینکه در لایحه پیشنهادی تعداد معاملات انجام شده مبنای تشخیص سوداگری مسکن قلمداد شده است، مالیات بر معاملات مکرر پیشنهاد شده است. تجارب موفق کشورهای توسعه یافته و در حال توسعه تاکید بر آن دارد، لایحه مالیات بر منفعت سرمایه با اهداف زیر وضع شود؛ ممانعت از سوداگری مسکن، کمک به تامین سرپناه کم‌درآمدها و میان درآمدها، عدم ممانعت از سرمایه‌گذاری مسکن و افزایش دارایی مسکن، وضع مالیات بر خروج سرمایه از بخش مسکن و کمک به تحرک نیروی کار و کارآیی بازار کار.
دوم: نامناسب بودن معیار معافیت مالیات بر درآمد اجاره: در اصلاح مالیات اجاره در قانون مالیات‌های مستقیم چند موضوع مهم مورد توجه قرار نگرفته است. الف- مسکن کالای شدیدا غیرهمگن است، لذا تدوین معیار فیزیکی برای معافیت قابل دفاع نیست و جایگزینی معیار ارزش واحد مسکونی از دیدگاه کارآیی و عملیاتی پیشنهاد می‌شود. با این تغییر واحدهای مسکونی گران‌قیمت که ممکن است بزرگ نباشند از شمول معافیت حذف می‌شوند. ب- یکی از ابعاد اساسی کنترل بازار مسکن اجاره‌ای علاوه بر کمک به تامین مسکن گروه‌های کم‌درآمد، کنترل تورم است. ج- تشویق قراردادهای بلندمدت از طریق سیاست‌های درآمدی می‌تواند موثر باشد و در دستور کار قرار گیرد.
سوم: محدود کردن ظرفیت مالیات بر ارزش افزوده: از دیگر ملاحظات ناظر بر مالیات‌های بخش مسکن توسعه ظرفیت و پایه مالیات بر ارزش افزوده است. مطابق بند 8 ماده 12 قانون مالیات ارزش افزوده، مسکن و مستغلات و املاک از مالیات معاف است. این در حالی است که اصل توانایی پرداخت بر وضع مالیات مسکن و املاک و مستغلات گران قیمت حکم می‌کند و تجارب کشورهای دیگر نیز به همین موضوع اشاره دارد.
حذف معافیت غیرضروری که موجب ایجاد اختلال در عملکرد بخش‌های اقتصادی و انحراف تخصیص منابع می‌شود، موضوع مهمی است که اصلاح مواد این قانون برای تکمیل آن گام برمی دارد. وضع مالیات بر ارزش افزوده بر مسکن پردرآمدها و گران قیمت موجب تحقق اهداف؛ کارآیی، توزیعی و رشد اقتصادی می‌شود.
چهارم: عدم توجه به تحقق سایر اهداف مهم بخش مسکن: شرایط خاص بازار مسکن ایران سبب شده است نرخ واحدهای مسکونی خالی از میزان طبیعی آن فراتر رود. وجود واحدهای مسکونی خالی به ویژه در بازارهای مسکن که درجه تقاضای دارایی و سوداگری در آنها زیاد است از یک طرف و کمکی که عرضه واحدهای مذکور به برقراری تعادل می‌کنند و از سوی دیگر سبب می‌شود، توجه سیاست‌گذاران به وضع مالیات بر واحدهای مسکونی و املاک خالی معطوف شود. اعتقاد بر آن است که وضع مالیات بر واحدهای مسکونی و املاک خالی می‌تواند موجب تغییر رفتار افراد شود و نرخ واحدهای مسکونی را به سطح طبیعی آن برساند. مالیات مذکور در اصلاحات موادی از قانون مالیات‌های مستقیم حذف شد.
پنجم: مغفول ماندن موضوع ساماندهی مسکن اجاره‌ای: بهترین روش تثبیت بازار مسکن اجاره‌ای که در کشورهای موفق به کار گرفته شده است، توسعه قراردادهای چند ساله از طریق سیاست‌های درآمدی و معافیت‌های مالیاتی است.
ششم: به‌کارگیری مبانی و اصول سیاست‌های اقتصادی در مالیات‌های مسکن: بر اساس نظریه‌های اقتصادی، بهترین روش حمایت از تامین مسکن کم‌درآمدها و گروه هدف؛ پرداخت یارانه نقدی مسکن است و بدترین روش، دخالت‌های مستقیم در اشکال مختلف آن از جمله مسکن اجاره‌ای و اجتماعی است که تجارب شکست آن در ایران (برنامه مسکن استیجاری) و سایر کشورهای جهان فراوان است که در دهه 1980 منسوخ شده است.
اختصاص هر گونه یارانه به گروه‌های غیر هدف از جمله پرداخت یارانه برای تشکیل بازار رهن ثانویه ضمن ایجاد فشار غیرضروری بر بودجه دولت و تشدید تورم، به نوعی اختصاص بودجه عمومی به فعالیتی است که از منظر کارآیی و توزیع درآمد قابل دفاع نخواهد بود. اعمال هرگونه معافیت یا تخفیف‌ها باید بر اساس سطح آستانه درآمدی گروه و خانوار هدف باشد. برای مثال سطح آستانه معافیت مالیات بر ارزش افزوده می‌تواند بر مبنای ارزش واحد مسکونی تعیین شود (برای مثال اگر ارزش مسکن مورد معامله 20 برابر درآمد معاف از مالیات درآمد باشد مشمول مالیات است. این معافیت می‌تواند بر اساس بعد خانوار وضع شود). سایر تخفیف‌ها و معافیت‌ها با روش شناسی مشابهی وضع می‌شود که در کشورهای توسعه یافته مرسوم است.
هفتم: تامین بخشی از هزینه‌های دولت در بخش مسکن: اختصاص بخشی از مالیات‌های مسکن جمع‌آوری شده در سرفصل‌های مالیات منفعت سرمایه، مالیات اجاره و مالیات بر ارزش افزوده در اختیار سازمان هدفمندی یارانه‌ها( و تشکیل کمیته مسکن در این سازمان) جهت تامین مسکن گروه هدف در شکل ملکی یا اجاره‌ای بهترین و کارآترین نوع دخالت دولت تلقی می‌شود.