میزان عايق بندي گرمايي پنجره دو جداره به فاصله دو شيشه بستگي دارد. اگر فاصله دو شيشه بسیار كم باشد، نفوذ گرمايي افزایش یافته و به طبع آن رسانايي گرمايي پنجره دو جداره افزايش مي يابد. اگر فاصله دو شيشه زياد باشد، پديده همرفت بر ويسكوزيته (گرانروي) گاز فائق آمده و باعث افزايش رسانايي گرمايي پنجره دو جداره خواهد شد. بيشترين عايق بندي گرمايي زماني رخ مي دهد كه فاصله دو شيشه بين 16 تا 19 ميليمتر باشد. فاصله شيشه دو جداره بايد نسبت به قاب پنجره upvc مورد استفاده تنظيم گردد. بيشتر پروفيل هاي upvc که در بازار موجود است، قابليت استفاده از شيشه هاي دو جداره با فاصله مناسب را دارا می باشند. اما مشكل زماني بوجود می آید كه بخواهيم از پنجره سه جداره استفاده كنيم كه در اين صورت رعايت حداقل فاصله بين شيشه ها و وزن شيشه هاي چند جداره مشكل ساز مي شود. مخصوصاً زماني كه شيشه چند جداره در لنگه پنجره استفاده شود.

در نوع خاصي از پنجره دو جداره براي افزايش عايق بندي حرارتي پنجره دو جداره، هواي بين دو شيشه پنجره دو جداره را تخليه مي كنند. در اين نوع پنجره دو جداره، از نوع خاصي از شيشه كه دماي ذوب آن پايين آورده شده است به عنوان عامل چسبندگي بين قاب و شيشه اصلي استفاده مي كنند. عايق بندي اين نوع پنجره دو جداره به علت حذف پديده همرفت بسيار بالاتر است. اما عیب اين نوع پنجره دو جداره حساسيت بسيار زياد آن نسبت به اختلاف دماي خارج و داخل ساختمان است.

يك راه معمول براي كاهش انتقال حرارت پنجره هاي دو جداره، پر كردن فضاي بين دو شيشه با استفاده از گازي با ضريب انتقال حرارت پايين تر است. در اين حالت معمولاً از يك گاز تك اتمي مانند آرگون، كريپتون يا زنون استفاده مي شود. انتقال حرارت آرگون برابر 0.67 انتقال حرارت هوا است و انتقال حرارت كريپتون نصف انتقال حرارت هوا است. گازهاي كريپتون و زنون بسيار گران هستند. دليل ديگر استفاده از اين گازها در پنجره دو جداره، اين است كه اين گازها غير سمي، بي رنگ، بدون و و از لحاظ شيميايي خنثي هستند. برخي از توليد كنندگان شيشه دو جداره از گاز هگزا فلوريد گوگرد نيز استفاده مي كنند، اين گاز عايق بندي صدايي پنجره دو جداره را افزايش مي دهد. اما اين گاز از نوع گازهاي گلخانه اي بوده و يكي از عوامل گرم شدن كره زمين است. از سال 2006 به بعد استفاده از اين گاز براي مصارف عمومي ممنوع شده است.

به صورت كلي هرچه گاز از رسانايي كمتري برخوردار باشد مي توان فاصله بين دو شيشه را كمتر كرد. به عنوان مثال فاصله بهينه مربوط به آرگون كمتر از هوا و فاصله بهينه مربوط به كريپتون كمتر از آرگون است. اما با توجه به اين كه امكان پر كردن فاصله بين دو شيشه با گاز خالص وجود ندارد بيشتر توليد كنندگان ترجيح مي دهند كه فاصله دو شيشه پنجره دو جداره را بيشتر از فاصله بهينه مربوط به گاز خالص در نظر بگيرند. در پنجره هاي دو جداره معمولي از گاز آرگون استفاده مي شود. از كريپتون تنها در پنجره هاي دو جداره نازك يا پنجره هاي سه جداره با كيفيت بالا استفاده مي شود و از زنون معمولاً به علت قيمت خيلي بالاي آن در پنجره هاي دوجداره استفاده نمي شود.